在义务教育之外，金龙鱼基金会和益海嘉里也高度关注高等教育的发展，积极捐资高校硬件建设，支持一流大学的创建；设立助学金、奖学金、奖教金和创新基金，激励优秀学生、青年老师、科研人才的成长，助力高校创立一流人才培养体系，推动国家和行业产业的技术进步。
2004年，益海嘉里捐捐资5000万元与中国青少年基金会合作设立的“益海嘉里中国公益基金”，用于资助农民工子女求学和奖励激励优秀大学生；自2011年开始，益海嘉里和金龙鱼基金会陆续在22所大学、科研院所设立金龙鱼奖学金、金龙鱼奖教金和创新基金，用于奖励激励在多个专业、学科的取得优异成绩的本科生、研究生和青年教师。
2020年，金龙鱼基金会向西湖大学捐赠1亿元，支持新型大学的建设；同年，基金会创始人郭孔丰先生、金龙鱼基金会向暨南大学捐资3000万设立“世界华侨华人文献馆建设基金”；2021年，郭孔丰先生和基金会向厦门大学捐赠7000万设立“益海嘉里教育基金”。
